Ο Ιερός Ναός του Αγίου Νικολάου στην Κάτω Πόλη της Μονεμβασίας, σύμφωνα με την κτητορική επιγραφή που είναι τοποθετημένη στο τριγωνικόαέτωματηςδυτικήςθύραςεισόδου, ιδρύθηκε το έτος 1703 με δαπάνες του ιατροφιλόσοφου Ανδρέα Λικινίου. Ο τελευταίος υπήρξε γόνος της Μονεμβασιώτικης οικογένειας των Λικινίων, μέλη της οποίας διετέλεσαν ιερείς και χαρτοφύλακες του παλαιού μητροπολιτικού ναού του Ελκομένου Χριστού Μονεμβασίας. Στην οικογένεια αυτή ανήκε ο κώδικας 220 της Μονής Κουτλουμουσίου που περιέχει κείμενα και σημειώματα σχετικά με την ιστορία της Μονεμβασίας.
Από γραπτές πηγές γνωρίζουμε ότι ο Άγιος Νικόλαος ανεγέρθηκε πλησιόχωρα της πατρογονικής εστίας των Λικινίων και μάλιστα επάνω σε παλαιότερο ναό, των βυζαντινών χρόνων, του οποίου τα ερείπια είναι μέχρι σήμερα ορατά στη νότια εξωτερική πλευρά. Το μνημειακό ύφος του τρουλλαίου οικοδομήματος και η δεσπόζουσα θέση του μέσα στον οικισμό διατρανώνει τη θεία πίστη και την ευγνωμοσύνη του κτίτορος προς τον Πανάγαθο Θεό, σε μια χρονική συγκυρία κατά την οποία η Μονεμβασία, απελευθερωμένη από τον ζυγό των αλλοδόξων Αγαρηνών, είχε τεθεί υπό την προστασία των ομοθρήσκων Βενετών. Ο Ανδρέας Λικίνιος δεν περιορίστηκε μόνο σε αυτό το φιλόδοξο από πλευράς οικοδομικής και αρχιτεκτονικής έργο αλλά προχώρησε και στη χορηγία μιας σπουδαίας καλλιτεχνικής δημιουργίας, της δεσποτικής εικόνας του Ελκομένου Χριστού που κοσμεί από το 1700 το τέμπλο του μητροπολιτικού ναού.
Στην κτιστή Αγία Τράπεζα του Αγίου Νικολάου έλαβε χώρα για δώδεκα ολόκληρα χρόνια ελεύθερου χριστιανικού βίου (1703–1715) το αναίμακτο θυσιαστήριο, το οποίο, μετά την ατιμωτική παράδοση της πόλης στους Τούρκους, διαδέχθηκε η μαρτυρική θυσία των γηγενών κατοίκων, μεταξύ αυτών και του κτίτορος του ναού Ανδρέα Λικινίου. Το σαρκίο του τελευταίου δεν έμελε να ειρηνεύσει μέσα στο Ιερό κατοικητήριο, όπου είχε κατασκευαστεί για τον σκοπό αυτό κτιστός κιβωτιόσχημος τάφος, αλλά αντιθέτως ετέθη επάνω στην αγχόνη του σκλαβοπάζαρου της Κωνσταντινουπόλεως. Οι Οθωμανοί, μη αρκούμενοι στον μαρτυρικό θάνατο του Λικινίου, προχώρησαν στην μετατροπή του ιερού ναού που ο ίδιος είχε ιδρύσει σε αποθηκευτικό χώρο (οπλοστάσιο).
Στα νεώτερα χρόνια ο ναός του Αγίου Νικολάου λειτούργησε ως σχολείο και στο πλαίσιο αυτό υπέστη στο εσωτερικό του μια σειρά επεμβάσεων για τη λειτουργία της νέας χρήσης, όπως κατασκευή διαχωριστικού τοίχου ανάμεσα στον χώρο του Ιερού και τον κυρίως ναό και υπερύψωση του δαπέδου. Το χρονικό διάστημα 1829–1830 στέγασε το Αλληλοδιδακτικό Σχολείο Μονεμβασίας και από το 1839 μέχρι τα μέσα του 20ού αιώνα το Δημοτικό Σχολείο Μονεμβασίας. Έκτοτε ο Ιερός Ναός παρέμεινε κλειστός λόγω οικοδομικών προβλημάτων και λοιπών φθορών που αντιμετώπιζε. Εν τω μεταξύ έγιναν μικρής έκτασης εργασίες συντήρησης που επέτρεψαν για κάποια χρόνια τη φιλοξενία των Επιστημονικών Συμποσίων που διοργάνωσε ο Μονεμβασιώτικος Όμιλος.
Στο πλαίσιο του Γ΄ Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης πραγματοποιήθηκαν εργασίες αναστηλώσεως του ναού που περατώθηκαν το έτος 2006. Και ενώ απομακρύνθηκαν όλα τα πρόσθετα στοιχεία που είχαν αλλοιώσει την αρχική αρχιτεκτονική φυσιογνωμία του, ο μεταγενέστερος συμπαγής τοίχος που διαχωρίζει το Ιερό από τον κυρίως ναό και ο οποίος έχει κατασκευαστεί στα νεώτερα χρόνια για τις ανάγκες στέγασης του Αλληλοδιδακτικού και Δημοτικού Σχολείου Μονεμβασίας, διατηρήθηκε, με κύριο σκοπό τη μη απόδοση του Ιερού Ναού στη χριστιανική λατρεία, όπως άρμοζε, και συνακόλουθα στο χαρακτηρισμό του από τους ιθύνοντες του Υπουργείου Πολιτισμού ως πολιτιστικού χώρου για τη φιλοξενία ποικίλων πολιτιστικών δράσεων. Αυτό όμως αντιβαίνει τον εκκλησιαστικό χαρακτήρα του μνημείου και τον σκοπό για τον οποίο το ανήγειρε ο κτίτορας Ανδρέας Λικίνιος.